미생물생태학은 토양/해양/폐수/담수/공기/식품/동식물 및 인간의 장내 등 지구상에 존재하는 다양한 미생물의 환경과학적 응용, 생태 및 분류를 연구하는 학문이다. 특히 생태학적 연구로서는 특정 시공간에 어떠한 미생물이 살고 있으며, 미생물군집 사이에 어떤 영향을 주고 받으며, 환경 및 인간에게는 어떤 영향을 주고 받는지를 연구하는 학문이다. 이와 더불어 본 실험실에서는 이 지구상의 미생물 자원을 보다 다양하게 확보하기 위해 특정 환경에서 신규 미생물을 분리하고, 분리된 신규 미생물에 대한 분류학적 연구(명명/동정/분류)를 수행하고 있다. 최근에는 일반적 세균에 비해 연구가 뒤쳐져 있는 고세균, 진균, 바이러스의 생태학 연구로 연구의 폭을 넓히고 있으며, Environmental DNA microarray와 Next generation sequencing 시스템 등 대용량 환경 유전자 분석에 필요한 공부를 병행하고 있다.